四川省产前诊断中心由四川省卫生厅2006年批准，建立在四川大学华西第二医院。 四川省产前诊断中心为四川大学华西第二医院所属独立的一级科室，同时接受四川省卫生厅和四川大学华西第二医院的领导。
四川大学华西第二医院（原华西医科大学附属第二医院），又名四川大学华西妇产儿童医院。该医院原为华西医科大学附属第一医院的妇产科和儿科，始建于1942年。1988年经卫生部批准，从华西医大附一院迁出正式建院，为卫生部部属医院，是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的西南地区最大的妇女儿童专科医院。
华西第二医院实际开放床位500余张;临床科室11个、医技科室5个、研究室及实验室14个;拥有大型精密医疗设备300余台,具有完整的危重监护体系;现有在编职工510人，其中教授、主任医师和研究员39名，副教授、副主任医师和副研究员65名,博士生导师21名，硕士生导师59名,省、厅级学术和技术带头人13名,享受国家级政府津贴和部、省级有突出贡献的中青年专家津贴共24人, 留学回国人员占40%，四川省和成都市医学会妇产科、儿科专委会主任委员均产生在该院。
华西第二医院多年来承担着成都市、四川省乃至西南地区的妇女儿童危重疾病病人的救治、转诊、会诊等大量临床工作，年门急诊病人逾60余万人次，年住院病人2万人次。
四川大学华西第二医院于70年代末，在我省建立了临床遗传和产前诊断专业，并在四川省首先开始进行产前诊断技术的研究。并且在临床遗传学、产前诊断技术以及产前诊断的科学研究处于全省领先水平。与此同时。作为国家“211”工程院校的临床教学基地和中国西部最大的三级甲等妇女儿童专科医院，还完成了国家教育部、卫生部和四川省有关部门下达的各种医疗教学和科研任务等，这在我省具有着无可非议的代表性，同时已构成了我国西部产前诊断发展的主要力量。尽管如此，我省在本领域内的综合发展水平与我国先进地区相比尚存在着较大的差距，至今尚无一家有一定规模的管理规范、并具有雄厚的技术发展潜力的产前诊断机构。
四川大学华西第二医院产前诊断与遗传病诊断工作已历时20年。基本建立健全了母婴医疗保健和产前诊断与遗传病诊断工作制度，制定并执行了婚前遗传病筛查、孕前筛查与咨询、胎儿筛查与产前诊断、死胎死产胎儿登记汇报与尸检、新生儿疾病筛查等制度常规。除完成本院医疗保健任务外，还承担大量产前诊断与遗传病诊断会诊工作。基本涵盖了目前国内所能进行的产前诊断与遗传病诊断项目。从事产前诊断与遗传病诊断的相关科室包括妇产科围产医学中心、儿科（新生儿、儿科血液、儿科心血管、儿科神经病学、儿童保健等专业）、检验科、医学遗传室、生殖免疫室、生殖内分泌室、影像诊断室（胎儿与新生儿B型超声及超声心动图扫描、羊膜腔造影等）、IVF中心等。设有妇女保健门诊、儿童保健门诊、遗传咨询门诊、孕前咨询门诊、围产咨询与保健门诊等。提供全面的婚前遗传病筛查、孕前筛查、胎儿筛查与产前诊断和新生儿疾病筛查服务，并提供相应的治疗、保健服务；通过影像诊断室、妇产科遗传室、妇科肿瘤实验室、生殖内分泌实验室、新生儿实验室、小儿血液实验室、儿童保健实验室、围产医学实验室、出生缺陷中心等完成影像诊断、生化诊断、细胞遗传学诊断及分子遗传学诊断等，并融合了四川大学医学遗传研究室的技术力量，提供全面的产前诊断与产前筛查技术服务；并已建立健全了出生缺陷登记报告制度、死胎死产胎儿尸解制度。
目前，四川省产前诊断中心开展了以下技术服务项目：优生遗传咨询、产前医学影像诊断、细胞遗传学产前诊断、分子遗传学产前诊断、生化免疫产前诊断、产前筛查技术服务等。
四川省产前诊断中心现有国家级产前诊断专家3人，省级产前诊断专家11人。
四川省产前诊断中心具有完善的计算机网络系统，完整病历、档案、随访等的计算机管理体系，健全专业的医学管理和信息管理人员，为产前诊断中心的信息管理、质量控制和业务培训提供了技术和物质保障。
四川省产前诊断中心具有完善的计算机网络系统，完整病历、档案、随访等的计算机管理体系，健全专业的医学管理和信息管理人员，为产前诊断中心的信息管理、质量控制和业务培训提供了技术和物质保障。
四川省产前诊断中心遵循《中华人民共和国母婴保健法》、《中华人民共和国母婴保健法实施办法》以及卫生部2002年12月13日发布，2003年5月1日实施的第33号《产前诊断技术管理办法》，以及与之配套的七个附件：《开展产前诊断技术医疗保健机构的设置和职责》、《开展产前诊断技术医疗保健机构的基本条件》、《从事产前诊断卫生专业技术人员的基本条件》、《遗传咨询技术规范》、《21三体综合征和神经管缺陷产前筛查技术规范》、《超声产前诊断技术规范》、《胎儿染色体核型分析技术规范》等相关文件精神，按照ＧＢ／Ｔ１.１－２０００《标准化工作第一部分：标准的结构和编写规则》的要求，制定了《产前诊断规范性文件---规章制度》和《产前诊断规范性文件---技术操作手册》，并将严格地、全面按照该规范性文件要求实施。
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